福清出入境检验检疫局是根据国务院机构改革有关检验检疫“三定”方案，在行政管理上实行垂直管理，于1999年11月25日由原福清进出口商品检验局、原福清动植物检疫局、原福清卫生检疫局合并组建成立，隶属福建出入境检验检疫局的正处级涉外行政执法监督机构，业务辖区为福清市和平潭县。内设9个科室、综合技术服务中心,下辖江阴港办事处筹建处，现有干部职工75人。

    几年来，福清出入境检验检疫局始终把文明创建、效能建设、行风建设与检验检疫中心工作紧密结合，把目标定在一流管理、一流服务的高度上。在服务企业、促进外经贸发展方面取得了显著成效，共获得省级文明单位、国家级青年文明号等9个省部级荣誉和20个（地、县）市 级荣誉。